Installation
Le présent document a pour but de faciliter les différentes installations nécessaires en vue d'utiliser la librairie LutinJ2R.
Premièrement il est nécessaire d'avoir R d'installé sur la machine qui devra effectuer les calculs R. Chaque solution a des particularités.
Solution réseau
Il est possible d'utiliser R en local (machine locale) ou de confier les calculs à une tierce machine (machine distante).
Que ce soit sur la machine locale ou distante, il faut installer R. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R :
http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:packages
La procédure suivante diffère selon la plateforme :
Sous Linux
Il faut installer le serveur qui va réceptionner et traiter les requêtes TCP/IP. Dans l'ordre, il faut :
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Télécharger les sources de la version 0.4-3 (http://rosuda.org/Rserve/dist/Rserve_0.4-3.tar.gz) ou à defaut la dernière disponible à l'adresse ;
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Se logguer en root ;
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Excécuter la commande "R CMD INSTALL Rserve_0.4-3.tar.gz".
A noter que l'étape d'installation requiert un compilateur C/C++. Une intervention supplémentaire est peut-être donc nécessaire !
Sous Windows
Les étapes à suivre :
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Télécharger la version 0.4-3 précompilée (http://rosuda.org/Rserve/dist/w32bin/0.4-3/2.3.1/Rserve.exe) ou à défaut la dernière disponible à l'adresse http://rosuda.org/Rserve/dist/rserve-win.html ;
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Il faut ensuite copier le fichier téléchargé dans le dossier 'bin' de l'installation de R. Par défaut pour la version 2.3.1 de R, ce dossier est "C:Program FilesRR-2.3.1bin".
Solution JNI
- Il faut avant tout que R soit installé. Le plus simple est de consulter la documentation en ligne de R :
- http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=getting-started:installation:packages
Concrètement R est prêt. Cependant, si la plateforme ou l'architecture de la machine est particulière, il reste à compiler les sources natives (non-Java) du projet et créer une librairie adaptée.
Heureusement, la procédure est simple :
Les sources à compiler font partie de l'archive JRI-sources.zip (http://lutinj2r.labs.libre-entreprise.org/libsys/JRI-sources.zip).
Pour compiler la librairie, dézippez dans un premier temps l'archive JRI-sources.zip. Ensuite, excécutez le script nommé "configure" de manière à préparer votre système à la compilation. Enfin, effectuez la compilation à l'aide de la commande "make".
La compilation effectuée, un fichier a été généré, dont le nom est propre à la plateforme (libjri.so, jri.dll, ...). Il ne reste plus qu'à configurer le système comme indiqué à l'étape suivante.
Des versions précompilées des librairies sont disponibles (http://lutinj2r.labs.libre-entreprise.org/libsys/)
Site web de JRI : http://www.rforge.net/JRI/
Configuration
Solution réseau
Il n'y a de configuration à faire que s'il s'agit d'une utilisation sur une machine distante. Dans le cas contraire, la configuration de la solution réseau est terminée.
Dans le cas d'une machine distante, il faut autoriser les connections entrantes. Par défaut, Rserve rejette ces connections.
Pour contrer cela, il faut éditer un fichier de configuration.
Sous Linux, il s'agit du fichier
/etc/Rserv.conf
alors que sous Windows, il s'agit du fichier
Rserv.cfg - qui doit se trouver au même endroit que l'excécutable Rserve.exe. (Par défaut : C:Program FilesRR-2.3.1bin)
Si ce fichier n'existe pas, il faut le créer et ajouter la ligne suivante :
remote enable
Solution JNI
La librairie compilée ou obtenue à l'étape précédente doit être placée au bon endroit sur le système pour pouvoir être utilisée.
Quelque soit la plateforme, il faut positionner des variables d'environnement.
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R_HOME : doit pointer sur le dossier d'installation de R (soit /usr/lib/R sous Linux ou C:Program FilesRR-(version) sous Windows ou ...)
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LD_LIBRARY_PATH : doit pointer sur le dossier lib contenu dans R_HOME (soit R_HOME/lib/ sous Linux ou R_HOMElib sous Windows ou ...)
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PATH (pour Windows) : doit pointer sur le dossier d'installation de R (C:Program FilesRR-(version) ou ...) (en fait sur le dossier contenant la librairie R.dll)
Il faut ensuite copier la librairie (libjri.so ou jri.dll ou ...) dans le dossier LD_LIBRARY_PATH
Démarrage
Cette étape n'est nécessaire que pour la solution réseau.
Solution réseau
La dernière étape de préparation est le lancement de Rserve.
Sous Linux, tapez la commande :
R CMD Rserve
Sous Windows, double-cliquez sur :
Rserve.exe dans le dossier d'installation de R (par défaut : C:Program FilesRR-2.3.1bin)
A noter que vous pouvez aussi lancer Rserve à partir de R :
library(Rserve) Rserve()